1994. gada jūnijā Jelgavas pilsētas pašvaldība no Valsts Meža dienesta pārņēma sev kādreiz piederošos mežus un uzsāka to apsaimniekošanu. Ar 2002. gada februāri šis uzdevums ir uzticēts Iestādei. Ikdienā to veic Iestādes speciālisti, kuru redzeslokā ir arī mežu uzraudzība un aizsardzība. Iestāde apsaimnieko pašvaldības mežus, kas atrodas Lielupes kreisajā krastā. To kopplatība ir 675 ha. Tie ir uzmērīti un ierakstīti Valsts Zemes grāmatā uz pašvaldības vārda. Lielupes labā krasta meži pieder valstij, kaut arī tie atrodas pilsētas administratīvajās robežās. Tos apsaimnieko Latvijas Valsts mežzinātnes institūta “Silava” un Latvijas Lauksaimniecības universitātes valsts zinātniskās izpētes mežu apsaimniekošanas aģentūras “Meža pētīšanas stacija” Jelgavas informācijas centrs.
Tā kā pašvaldības meži pieder pie aizsargājamo mežu kategorijas, to apsaimniekošanu reglamentē Ministru Kabineta noteikumi, kas ir daudz stingrāki, kā saimnieciska rakstura mežiem. Koku ciršana notiek, veicot tikai kopšanas un izlases cirtes.
Tā kā pilsētas pašvaldības mežos netiek cirstas kailcirtes, jaunu meža platību ierīkošana notiek mežam piegulošās pašvaldības teritorijās, kā arī apmežojot vējgāzes.
Koku ciršanas tiesības (cirsmu izstrādi) var iegūt tikai izsoles kārtībā. Ar 2010. gada 1. janvāri tas attiecas arī uz malkas ieguvi fiziskām personām izstrādājot sanitārās cirtes.
Iegūtie līdzekļi no cirsmu izsolēm tiek ieskaitīti pilsētas pašvaldības budžetā.
Iestāde organizē arī pilsētas pašvaldības īpašumos (parkos, ielu apstādījumos) augošo koku apsaimniekošanu, bīstamo un nevēlamo koku izzāģēšanu, jauno koku stādījumu kopšanu un koku vainagu veidošanu.
